เซเก็นเด็นเซ็ตสึ 3 มีรูปแบบการเล่นคล้ายกับเซเก็นเด็นเซ็ตสึ 2 ซึ่งเป็นภาคก่อน เช่นเดียวกับเกมเล่นตามบทบาทอื่น ๆ ในยุค 16 บิต ซึ่งแสดงมุมมองจากบนลงล่าง ซึ่งตัวละครผู้เล่นสามคนหาเส้นทางภูมิประเทศและต่อสู้กับสัตว์ประหลาดที่เป็นศัตรู การควบคุมอาจได้รับการส่งผ่านระหว่างตัวละครแต่ละตัวได้ตลอดเวลา ส่วนเพื่อนร่วมทางที่ไม่ได้เลือกในปัจจุบันได้รับการควบคุมโดยปัญญาประดิษฐ์ เกมนี้อาจเล่นพร้อมกันโดยผู้เล่นสองคน ซึ่งต่างจากเซเก็นเด็นเซ็ตสึ 2 แบบสามคน[1][2] เกมนี้มีตัวละครที่เล่นได้หกตัว โดยในตอนต้นของเกม ผู้เล่นเลือกได้สามตัวจากที่มีอยู่ทั้งหมดหกตัว ซึ่งอีกสองตัวละครที่สามารถเล่นได้จะเข้าร่วมพวกเมื่อพบกัน ส่วนตัวละครสามตัวที่เหลือทำหน้าที่เป็นตัวละครที่ผู้เล่นไม่ได้ควบคุม (NPCs) เมื่อพบ[3]

ตัวละครแต่ละตัวสามารถใช้อาวุธประเภทหนึ่งได้ นอกเหนือจากเวทมนตร์คาถา ประสิทธิภาพของคาถาขึ้นอยู่กับความสามารถเวทมนตร์ของตัวละคร และองค์ประกอบของคาถาที่สัมพันธ์กับศัตรู[4] เมื่ออยู่ในโหมดการต่อสู้ การโจมตีของมอนสเตอร์จะเติมเกจที่ช่วยให้ผู้เล่นสามารถใช้การโจมตีพิเศษเฉพาะตัวละครได้[1]

เมื่อรวบรวมค่าประสบการณ์เพียงพอจากการต่อสู้ ตัวละครแต่ละตัวจะสามารถเพิ่มเลเวลเพื่อรับสถิติตัวละครที่ได้รับการปรับปรุง เช่น ความแข็งแกร่ง และการหลบหลีก[5] ส่วนตัวเลือกต่าง ๆ เช่น การเปลี่ยนอุปกรณ์, การร่ายคาถา หรือการตรวจสอบสถานะทำได้โดยการวนผ่านคำสั่งวงแหวน—ซึ่งเป็นเมนูวงกลมที่วางอยู่เหนือสมาชิกในคณะที่เราควบคุม เกมจะหยุดชั่วคราวทุกครั้งที่เปิดใช้งานเมนูคำสั่งวงแหวน และภายในวงแหวน ผู้เล่นมีเก้าช่องสำหรับเก็บไอเทม โดยสามารถวางรายการเพิ่มเติมลงในที่เก็บไอเทมได้ ซึ่งไม่สามารถเข้าถึงได้ในการต่อสู้[4]

ระดับความก้าวหน้าของตัวละครได้รับการประสานงานโดยผู้เล่น โดยจะมีตัวเลือกว่าจะเพิ่มสถิติใดตามคะแนนในทุกเลเวลที่ขึ้น ระบบ "คลาส" ก็มีอยู่เช่นกัน เมื่อตัวละครถึงเลเวล 18 แล้ว ผู้เล่นสามารถไปมาหาสู้ศิลามานาที่มีอยู่ทั่วทั้งเกม และเลือกอัปเกรดเป็นหนึ่งในสองคลาสสำหรับตัวละครแต่ละตัว—ไม่ว่าจะเป็นคลาสที่อยู่ในตำแหน่ง "แสงสว่าง" หรือคลาสที่ตรงกับ "ความมืด"—ซึ่งให้ชุดทักษะที่แตกต่าง และการปรับปรุงสถิติตัวละครที่แตกต่างกัน การเปลี่ยนคลาสที่สองสามารถทำได้ที่ระดับ 38 โดยแยกอีกครั้งระหว่างตัวเลือกแสงสว่างและความมืด หากผู้เล่นได้รับไอเทมหายากที่จำเป็นสำหรับคลาสเป้าหมาย ทั้งนี้ การเปลี่ยนแปลงคลาสไม่มีผลกับเนื้อเรื่องของเกม หากแต่เพียงรูปแบบการเล่นเท่านั้น[4][5]

เซเก็นเด็นเซ็ตสึ 3 ยังใช้ฟังก์ชันปฏิทินในรูปแบบการเล่น ซึ่งวัฏจักรหนึ่งสัปดาห์เร็วกว่ารอบจริงมาก โดยหนึ่งวันผ่านไปในเวลาไม่กี่นาที แต่ละวันของสัปดาห์จะแสดงด้วยวิญญาณธาตุที่แตกต่างกัน ในวันของวิญญาณนั้น เวทมนตร์ของธาตุนั้นจะแข็งแกร่งขึ้นเล็กน้อย วันในเกมยังแบ่งออกเป็นกลางวันและกลางคืน เหตุการณ์บางอย่างเกิดขึ้นในช่วงเวลาหนึ่งของวันเท่านั้น เช่น ตลาดมืดที่จำหน่ายเฉพาะในตอนกลางคืนซึ่งขายของหายากโดยเฉพาะ ศัตรูที่พบในสนามรบจะเปลี่ยนไปในบางช่วงเวลา และบางคนอาจกำลังหลับอยู่หากตัวละครเข้าใกล้พวกเขาในเวลากลางคืน นอกจากนี้ ตัวละครอย่างเควินจะแปลงร่างเป็นมนุษย์หมาป่าเมื่อเขาต่อสู้ในตอนกลางคืน ซึ่งเพิ่มพลังโจมตีของเขาอย่างมาก ส่วนการใช้บริการของโรงแรมทำให้ผู้เล่น "ข้าม" นาฬิกาของเกมไปเป็นเย็นวันนั้นหรือเช้าวันรุ่งขึ้นได้[6]